Comparison of Saliva and Nasopharyngeal Swab Nucleic Acid Amplification Testing for Detection of SARS-CoV-2
Notice bibliographique
Résumé
Importance: Nasopharyngeal swab nucleic acid amplification testing (NAAT) is the noninvasive criterion standard for diagnosis of coronavirus disease 2019 (COVID-19). However, it requires trained personnel, limiting its availability. Saliva NAAT represents an attractive alternative, but its diagnostic performance is unclear. Objective: To assess the diagnostic accuracy of saliva NAAT for COVID-19. Data Sources: In this systematic review, a search of the MEDLINE and medRxiv databases was conducted on August 29, 2020, to find studies of diagnostic test accuracy. The final meta-analysis was performed on November 17, 2020. Study Selection: Studies needed to provide enough data to measure salivary NAAT sensitivity and specificity compared with imperfect nasopharyngeal swab NAAT as a reference test. An imperfect reference test does not perfectly reflect the truth (ie, it can give false results). Studies were excluded if the sample contained fewer than 20 participants or was neither random nor consecutive. The Quality Assessment of Diagnostic Accuracy Studies 2 tool was used to assess the risk of bias. Data Extraction and Synthesis: Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-analyses reporting guideline was followed for the systematic review, with multiple authors involved at each stage of the review. To account for the imperfect reference test sensitivity, we used a bayesian latent class bivariate model for the meta-analysis. Main Outcomes and Measures: The primary outcome was pooled sensitivity and specificity. Two secondary analyses were performed: one restricted to peer-reviewed studies, and a post hoc analysis limited to ambulatory settings. Results: The search strategy yielded 385 references, and 16 unique studies were identified for quantitative synthesis. Eight peer-reviewed studies and 8 preprints were included in the meta-analyses (5922 unique patients). There was significant variability in patient selection, study design, and stage of illness at which patients were enrolled. Fifteen studies included ambulatory patients, and 9 exclusively enrolled from an outpatient population with mild or no symptoms. In the primary analysis, the saliva NAAT pooled sensitivity was 83.2% (95% credible interval [CrI], 74.7%-91.4%) and the pooled specificity was 99.2% (95% CrI, 98.2%-99.8%). The nasopharyngeal swab NAAT had a sensitivity of 84.8% (95% CrI, 76.8%-92.4%) and a specificity of 98.9% (95% CrI, 97.4%-99.8%). Results were similar in secondary analyses. Conclusions and Relevance: These results suggest that saliva NAAT diagnostic accuracy is similar to that of nasopharyngeal swab NAAT, especially in the ambulatory setting. These findings support larger-scale research on the use of saliva NAAT as an alternative to nasopharyngeal swabs.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,034 | 0,143 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,011 | 0,025 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».