1363. Assessment and Quantification of Nasopharyngeal <i>Streptococcus pneumoniae</i> Colonization Does Not Discriminate Between Children with Viral and Bacterial Respiratory Infection
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Pediatric uncomplicated pneumonia can be caused by viruses, bacteria, and atypical pathogens. Unfortunately, readily-available diagnostics do not reliably identify which cases of uncomplicated pneumonia have a bacterial etiology. It has been suggested that measuring pneumococcal nasopharyngeal carriage can discriminate between viral and bacterial disease. The objective of this study was to determine if nasopharyngeal pneumococcal carriage differed between children with definite viral disease, definite bacterial disease, and respiratory disease of indeterminate etiology. Methods Three cohorts were recruited. Cohort 1 consisted of children with acute respiratory illness admitted to the pediatric intensive care unit; Cohort 2 consisted of previously healthy children with acute respiratory illness admitted to the general pediatric ward; and Cohort 3 consisted of previously healthy children diagnosed with non-severe community-acquired pneumonia in the emergency department. Children were categorized into the following disease categories: a) viral infection syndrome, b) pneumonia complicated by effusion/empyema, or c) ‘indeterminate’ pneumonia. Study subjects’ nasopharyngeal swabs (NPS) underwent quantitative PCR testing for S. pneumoniae. Results There were 206 children in Cohort 1, 122 children in Cohort 2, and 179 children in Cohort 3. The median subject age was 2.5 y (25-75%ile 1.3-4.9 y). Only a minority (227/507, 45%) had pneumococcal carriage detected; in those participants, there was no association of quantitative genomic load with age, cohort, or disease category. In multivariate logistic regression, NPS pneumococcal carriage (positivity >3 log copies/mL) was associated with younger age and cohort of recruitment, but not with disease category (all those with indeterminate non-severe pneumonia were from Cohort 3). Table 1. Comparison of subjects in different cohorts Table 2. Comparison of subjects in different disease categories Table 3. Associations with nasopharyngeal pneumococcal colonization >3 log copies/mL. Conclusion The nasopharyngeal S. pneumoniae carriage patterns of subjects with definite viral infection were very similar to those with definite bacterial infection and to those with indeterminate pneumonia. It would therefore appear that assessment and quantification of nasopharyngeal pneumococcal colonization is not useful to discriminate between acute viral and bacterial respiratory disease in children in North America. Disclosures All Authors: No reported disclosures
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».