911. Assessment of Representativeness of IPD Surveillance Conducted by the National Microbiology Laboratory of Canada
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Understanding the evolving epidemiology of Streptococcus pneumoniae serotypes is important for assessing the current and potential future immunization programs. In Canada, Invasive pneumococcal disease (IPD) is mandatory reportable to provincial/territorial public health. Provinces and territories voluntarily submit annual IPD data to the Canadian Notifiable Disease Surveillance System (CNDSS), which publishes information on IPD cases and incidence rates, however serotype data are not available. Provinces/territories also voluntarily submit IPD isolates to the National Microbiology laboratory (NML) for serotyping; provinces that conduct their own serotyping submit this information. The NML produces comprehensive IPD surveillance reports including serotype distribution; due to lack of population denominator, no incidence rates are available. The two surveillance programs are not linked. The objective of the study is to assess the representativeness of the NML surveillance as compared to the CNDSS and provincial reportable diseases databases. Methods Over the study time period (2010-2017), we compared annual IPD case counts between the NML and CNDSS reports. Due to the difference in age grouping between CNDSS and NML, comparison was limited to these groups: all age, < 5, 5-14 and > 15 years. In addition, the IPD counts from NML were compared to data from four largest provinces. Results For < 5 group, NML reported 91% of CNDSS case count whereas for 5-14 and > 15 years of age, it was 81% and 79%, respectively. Compared to the corresponding provincial databases, NML reported 91%, 97%, and 93% case counts for Ontario, British Columbia, and Alberta, respectively, while it was only 47% for Quebec. Further analysis revealed that the discrepancy in Quebec is the result of under-representation of >5 populations. Figure 1: Comparison of age stratified IPD case counts between CNDSS and NML Figure 2. Comparison of all age IPD case counts between NML and provincial databases Conclusion IPD surveillance conducted by NML has been instrumental to gain insight into the evolving epidemiology of S. pneumoniae serotypes in Canada. Comparisons of IPD counts from NML surveillance reports with reportable disease databases revealed different levels of concordance across provinces and age groups. The limitations of NML surveillance including incomplete or inconsistent reporting should be taken into consideration when interpreting the data. Disclosures Rajeev M. Nepal, PhD, Pfizer (Employee) Stephane B. Dion, PhD, Pfizer (Employee) Ana Gabriela Grajales, MD, Pfizer (Employee) Maria Major, B.Sc., MPH, Pfizer (Employee) Alejandro Cane, MD, Pfizer (Employee) Jelena Vojicic, MD, Pfizer (Employee)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,027 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».