Identification of Genome-Wide DNA Variants and SNP Haplotypes Associated with Avirulence Genes of Leptosphaeria Maculans in Western Canada
Notice bibliographique
Résumé
Abstract BackgroundBlackleg, caused by Leptosphaeria maculans, is a serious disease of canola/ oilseed rape in many parts of the world. An integrated approach is needed to control the disease, with genetic resistance as a key component of the management strategy. Towards this goal, a reliable approach for L. maculans race structure assessment becomes essential to gain understanding of the frequency of avirulence genes and race groups of the pathogen, and provide guidance for deployment of resistant canola cultivars.ResultsA total of 162 representative isolates collected in western Canada were selected for genome re-sequencing with an Illumina platform. Assembly of the short reads against the reference genome of L. maculans 'brassicae' isolate v23.1.3 led to the discovery of 21,016 DNA variants (SNPs and InDels), 93% SNPs and 7% InDels, with a transition/transversion (Ts/Tv) ratio of 3.1 genome wide. InDels occurred mainly in GC-blocks and the Ts/Tv ratio of SNPs in AT-blocks was > 2 times higher than that in GC-blocks. The number of variants were positively correlated with supercontig size, GC-block size and gene numbers. DNA variants in most avirulence genes were SNPs, except a deletion in AvrLm1. The number of SNPs varied from 1–2 in AvrLm2, AvrLmJ1-5-9, AvrLm6, AvrLm10A, AvrLm10B and AvrLm11, 8 in AvrLm3 and 38 in AvrLm4-7. This study is the first report of triallelic SNPs in AvrLm2 and AvrLm4-7, and premature STOP codons in AvrLm4-7. Nine SNP haplotypes were identified in AvrLm4-7, however, only 2 ~ 3 haplotypes occurred in other avirulence genes, and in total 47 haplotype groups were identified from the isolates. The 47 SNP haplotype groups were translated into 44 protein haplotype groups and then isolates of L. macualns collected in western Canada were classified into10 races.ConclusionIn this study, we document the shortcoming of inferring races from SNP genotyping, and propose the use of SNP haplotyping for more reliable and informative analysis of L. maculans race structure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».