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Enregistrement W3120118518 · doi:10.2196/22219

What Every Reader Should Know About Studies Using Electronic Health Record Data but May Be Afraid to Ask

2021· article· en· W3120118518 sur OpenAlexaff
Isaac S. Kohane, Bruce J. Aronow, Paul Avillach, Brett K. Beaulieu‐Jones, Riccardo Bellazzi, Robert L. Bradford, Gabriel A. Brat, Mario Cannataro, James J. Cimino, Noelia García Barrio, Nils Gehlenborg, Marzyeh Ghassemi, Alba Gutiérrez‐Sacristán, David A. Hanauer, John H. Holmes, Chuan Hong, Jeffrey G. Klann, Ne Hooi Will Loh, Yuan Luo, Kenneth D. Mandl, Mohamad Daniar, Jason H. Moore, Shawn N. Murphy, Antoine Neuraz, Kee Yuan Ngiam, Gilbert S. Omenn, Nathan Palmer, Lav P. Patel, Miguel Pedrera‐Jiménez, Piotr Sliz, Andrew M. South, Amelia L.M. Tan, Deanne Taylor, Bradley Taylor, Carlo Torti, Andrew Vallejos, Kavishwar B. Wagholikar, Griffin M. Weber, Tianxi Cai

Notice bibliographique

RevueJournal of Medical Internet Research · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineHealth Professions
ThématiqueElectronic Health Records Systems
Établissements canadiensCanada Research ChairsUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Cancer InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteU.S. National Library of MedicineBritish Heart Foundation
Mots-clésAsk priceElectronic health recordInternet privacyHealth recordsComputer scienceWorld Wide WebPsychologyData scienceHealth careBusinessPolitical science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Coincident with the tsunami of COVID-19-related publications, there has been a surge of studies using real-world data, including those obtained from the electronic health record (EHR). Unfortunately, several of these high-profile publications were retracted because of concerns regarding the soundness and quality of the studies and the EHR data they purported to analyze. These retractions highlight that although a small community of EHR informatics experts can readily identify strengths and flaws in EHR-derived studies, many medical editorial teams and otherwise sophisticated medical readers lack the framework to fully critically appraise these studies. In addition, conventional statistical analyses cannot overcome the need for an understanding of the opportunities and limitations of EHR-derived studies. We distill here from the broader informatics literature six key considerations that are crucial for appraising studies utilizing EHR data: data completeness, data collection and handling (eg, transformation), data type (ie, codified, textual), robustness of methods against EHR variability (within and across institutions, countries, and time), transparency of data and analytic code, and the multidisciplinary approach. These considerations will inform researchers, clinicians, and other stakeholders as to the recommended best practices in reviewing manuscripts, grants, and other outputs from EHR-data derived studies, and thereby promote and foster rigor, quality, and reliability of this rapidly growing field.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,093
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,607
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: Commentaire
Score de désaccord entre enseignants0,907
Score d'incertitude au seuil0,493

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0930,607
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0040,003
Bibliométrie0,0080,006
Études des sciences et des technologies0,0030,014
Communication savante0,0170,026
Science ouverte0,0060,005
Intégrité de la recherche0,0210,021
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0210,015

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,564
Tête enseignante GPT0,643
Écart entre enseignants0,079 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
DomaineMéthodes
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations117
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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