MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W3120316388 · doi:10.1002/ajmg.a.62079

<scp><i>SCYL1</i></scp> disease and liver transplantation diagnosed by reanalysis of exome sequencing and deletion/duplication analysis of <scp><i>SCYL1</i></scp>

2021· article· en· W3120316388 sur OpenAlexaff
Vanda McNiven, Daniela Gattini, Iram Siddiqui, S. William Pelletier, Herbert Brill, Yaron Avitzur, Saadet Mercimek‐Andrews

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Medical Genetics Part A · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensUniversity of AlbertaAlberta Health ServicesMcMaster UniversityMcMaster Children's HospitalUniversity of TorontoSickKids FoundationStollery Children's HospitalHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésExome sequencingLiver transplantationPhenotypeGene duplicationTransplantationMedicineDiseaseExomeLiver diseaseExonClinical phenotypeBioinformaticsBiologyGeneticsPathologyInternal medicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

SCYL1 disease results from biallelic pathogenic variants in SCYL1. We report two new patients with severe hepatic phenotype requiring liver transplantation. Patient charts reviewed. DNA samples and skin fibroblasts were utilized. Literature was reviewed. 13-year-old boy and 9-year-old girl siblings had acute liver insufficiency and underwent living related donor liver transplantation in infancy with no genetic diagnosis. Both had tremor, global developmental delay, and cognitive dysfunction during their follow-up in the medical genetic clinic for diagnostic investigations after their liver transplantation. Exome sequencing identified a likely pathogenic variant (c.399delC; p.Asn133Lysfs*136) in SCYL1. Deletion/duplication analysis of SCYL1 identified deletions of exons 7-8 in Patient 1. Both variants were confirmed in Patient 2 and the diagnosis of SCYL1 disease was confirmed in both patients at the age of 13 and 9 years, respectively. SCYL1 protein was not expressed in both patients' fibroblast using western blot analysis. Sixteen patients with SCYL1 disease reported in the literature. Liver phenotype (n = 16), neurological phenotype (n = 13) and skeletal phenotype (n = 11) were present. Both siblings required liver transplantation in infancy and had variable phenotypes. Exome sequencing may miss the diagnosis and phenotyping of patients can help to diagnose patients.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: Étude de cas
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,241
Écart entre enseignants0,234 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueAmerican Journal of Medical Genetics Part AMême sujetGenomics and Rare DiseasesTravaux en français237 207