Investigating amino acid contribution to mOrange and mStrawberry spectra
Notice bibliographique
Résumé
Fluorescent proteins (FP) contain a unique fluorochrome, usually composed of 3 amino acids, which can absorb and emit light. FPs are widely used in cell biology by fusing them with target proteins and imaging the chimeric protein using fluorescence microscopy. Thus, FPs allow biologists to monitor cellular processes in vivo, for example, visualizing cytoskeletal components or track moving proteins and/or organelles. Directed evolution of fluorescence proteins has created a variety of colors, allowing multiple cellular components to be distinguished simultaneously within the same cell. While mOrange has a lower wavelength emission compared to dsRED, mStrawberry has a higher wavelength. There are seven amino acid differences between these FP variants, some of which are believed to be directly responsible for the change in emission, while the contribution of others is less clear. This project investigates contributions two of these residues found at position 62 and 213. Using site-directed mutagenesis was used to change glutamine at position 213 to leucine (Q213L) and serine at position 62 to threonine (S62T). Residue 62 lies within the chromophore of mOrange, thus changing the amino acid here will directly alter the chromophore. We predict that Q213L will alter the microenvironment near the fluorochrome due to its proximity to it (within 5 A). We expect the net result to be a red-shift of mOrange towards mStrawberry. Research in this area can provide new information about how these proteins produce chromophores and the effects of the microenvironment within the protein on the fluorochrome. * Indicates faculty mentor.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».