Exploring the burden of disease associated with human Escherichia coli bloodstream infections
Notice bibliographique
Résumé
Escherichia coli is an important cause of disease in humans including being the most common cause of bloodstream infections (BSIs). In order to support prioritization of diseases for public health decision-making, a comprehensive understanding of disease burden is required. We evaluated the burden of E. coli infections from different perspectives including incidence rate, mortality rate, case fatality risk, post-infection length of stay (PI-LOS), and the burden attributable to antimicrobial-resistant E. coli infections. Our systematic review and meta-analysis revealed that when considering third-generation cephalosporin (3GC) resistance, quinolone resistance, or multidrug resistance, there was a significant increase in the odds of dying (30-day or all-cause) with resistant E. coli infections compared to susceptible infections. We studied incident E. coli BSIs and 30-day deaths (2014-2018) from national (Finland) and regional (Australia, Sweden, and Canada) surveillance. Mortality data from Australia were not available. Rates were directly age and sex standardized to European Union 28-country 2018 population. Overall and 3GC-resistant standardized rates were 97.4 and 7.1 E. coli BSI/100,000 person-years and increased 12.7% and 34.4% during the study, respectively. The 30-day case fatality risk was 9.6% and standardized 30-day mortality rate was 9.7 deaths/100,000 person-years. Using negative binomial or logistic regression analyses, we examined E. coli BSI rate, 30-day mortality rate, 30-day case fatality risk, 3GC-resistance, and long PI-LOS (>75th percentile). Region, age, and sex were associated with E. coli BSI rate, and age was associated with 30-day mortality rate. Region, year, and an interaction between age and sex were associated with odds of having 3GC-resistant E. coli BSI. Region, location of onset, 3GC resistance, and an interaction between age and sex were associated with 30-day mortality. Detailed case data were available for E. coli BSIs from the western interior, British Columbia (04/2010-12/2018). Location of onset, age, BSI foci, and Charlson comorbidity index (CCI) were associated with 30-day mortality. Extended-spectrum β-lactamase-producing E. coli, location of onset, and CCI were associated with long PI-LOS. These results highlight the increasing E. coli BSI incidence rate, considerable mortality burden and evolving antimicrobial resistance, which have an important impact on human health and healthcare systems, especially in aging populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,010 | 0,028 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,005 | 0,011 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».