Comparing environmental microbiota of different growth stages of fresh water turtle Chinemys reevesii in pond and greenhouse cultivation
Notice bibliographique
Résumé
<title>Abstract</title> The microbial community structure is an important indicator for evaluating the water quality of the aquaculture environment. In this study, V4 regions of 16S rRNA gene of pond (PC) and greenhouse cultured (GC)<italic> C. reevesii</italic> were sequenced. Results showed that a total of 1,993,090 high quality counts and 105,159 observed OUTs were obtained; and the Chao1 richness estimator of PC was significantly higher than that of GC groups. Beta-diversity showed that the microbiota of two groups were isolated from each other. In addition, the correlation analysis of environmental factors showed that NO2-N, PH, PO4-P, and stocking density played significant roles in the bacterial community composition. The dominant phyla in PC groups were cyanobacteria, proteobacteria, actinobacteria, bacteroidetes, verrucomicrobia, planctomycetes; and in GC groups were proteobacteria, bacteroidetes, firmicutes, cyanobacteria, chloroflexi, actinobacteria. The functional prediction showed that the top5 Picrust prediction gene functions were protein processing in endoplasmic reticulum, retinol metabolism, proteasome, glycan binding proteins, and stilbenoid, diarylheptanoid and gingerol biosynthesis. Meanwhile, the numbers and types of KEGG pathway annotations showed a significant difference between the two cultivation environments. The prediction of bacterial phenotype implied that the GC environment is more likely to deteriorate, and turtles are more susceptible to pathogens than those of PC environment. This is the first report to explore and understand the difference of microbiota characteristics between different cultivation environments in different growth stages of <italic>C. reevesii</italic>, which will provide basic data for water quality adjustment, disease prevention, and healthy breeding of turtle.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».