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Enregistrement W3120613859 · doi:10.15414/afz.2020.23.04.236-240

Use of High-density SNP analyses to develop a long-term strategy for conventional populations to prevent loss of diversity - review

2020· article· en· W3120613859 sur OpenAlexaboutno aff
Nina Moravčí­ková, Radovan Kasarda

Notice bibliographique

RevueActa fytotechnica et zootechnica/Acta fytotechnica et zootechnica · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic and phenotypic traits in livestock
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTerm (time)Diversity (politics)SNPBiologyGenetic diversityEvolutionary biologyComputational biologySingle-nucleotide polymorphismGeneticsPopulationDemographyGenotypeSociology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Article Details: Received: 2020-09-10 | Accepted: 2020-10-30 | Available online: 2020-12-31 https://doi.org/10.15414/afz.2020.23.04.236-240 The aim was to review obtained results related to molecular-genetic analyses by high-density SNP chips and mtDNA in farm and wild populations within the project APVV-17-0060 Genomic Indicators of extranuclear DNA as a source of Diversity for Animal Breeding. Continuous human activity and subsequent socioeconomic and climatic changes of the environment significantly affect the genetic diversity of livestock on both intra- and inter-population levels. Concerning the conservation of local livestock populations and thus animal genetic resources (AnGR) for future generations is, therefore, necessary to monitor and look for new “more precise“ tools to measure the amount of genetic diversity. The expected result will be the identification of SNP markers and spot mutations with a significant effect on the process of development resp. variability of traits. In the case of the dog, identification of regions related to fitness, health, and trainability will be the primary objective. Keywords: Genetic diversity, economically important breeds, Animal genetic resources, Slovakia References CURIK, I., FERENČAKOVIĆ, M. and SÖLKNER, J. (2014). Inbreeding and runs of homozygosity: a possible solution to an old problem. Livestock Science, 166, 26–34. ENGELSMA, K.A., VEERKAMP, R.F., CALUS, M.P., BIJMA, P. and WINDIG, J.J. (2012). Pedigree and marker-based methods in the estimation of genetic diversity in small groups of Holstein cattle. Journal of Animal Breeding and Genetics, 129, 195–205. FERENČAKOVIĆ, M., BANADINOVIĆ, M., MERCVAJLER, M., KHAYATZADEH, N., MÉSZÁROS, G., CUBRIC-CURIK, V., CURIK, I. and SÖLKNER, J. 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Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,508
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0000,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0030,004
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,160
Tête enseignante GPT0,374
Écart entre enseignants0,214 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2020
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