Transcriptome Profiling Revealed Multiple rquA Genes in the Species of Spirostomum (Protozoa: Ciliophora: Heterotrichea)
Notice bibliographique
Résumé
Adaptation to life at different oxygen tensions plays a role in protozoan ecology and controls the distribution of different species in anoxic habitats. The ciliate genusSpirostomuminhabiting fresh or low salinity water globally where these species are considered as bioindicators. Under anaerobic or low oxygen conditions, the rhodoquinol-dependent pathway has been reported in the species from the class Heterotrichea. With the help of RNA sequencing (RNAseq) data,Spirostomumspp., are suitable for deep molecular investigations onrquAfor rhodoquinone (RQ) biosynthesis. In this study,Spirostomum ambiguum,Spirostomum subtilis, andSpirostomum terescollected from densely vegetated freshwater habitat in Fuzhou, China, explored the evidence ofrquA. Based on transcriptome analysis, two to three RquA proteins were identified inS. ambiguum,S. teres, andS. subtilis, respectively. The presence of a key Motif-I of RquA and mitochondrial targeting signals (MTS), also confirmed the identity of these as RquA. Furthermore,SpirostomumRquA proteins could be sorted into two groups based on their conserved amino acid (CAA) residues. Phylogenetic analysis also exhibited RquA division into two subclades contained RquA1 and RquA2/RquA3 and supports two to three paralogs ofrquAgenes in the genomesSpirostomumspp. Additional transcriptomes and genomes analysis ofBlepharismaspp., andStentorspp., respectively, also revealed at least two paralogs ofrquAin members of the class Heterotrichea. The present study provides evidence for the presence of RquA and rhodoquinol dependent fumarate reduction pathway inSpirostomumspecies potentially use to respire in the oxygen-depleted habitats and two to three diverserquAgenes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».