Increasing Incidence of Invasive Group A <i>Streptococcus</i> Disease in First Nations Population, Alberta, Canada, 2003–2017
Notice bibliographique
Résumé
G AS disease is caused by the gram-positive coccusbacterium Streptococcus pyogenes; invasive GAS (iGAS) disease is typically defined as identification of GAS from any sterile site, including blood, cerebrospinal fluid, brain, and deep tissues.GAS affects persons worldwide and causes a wide array of diseases including pharyngitis, skin infections (e.g., impetigo and cellulitis), bacteremia, pneumonia, septic arthritis, rheumatic fever, rheumatic heart disease, and the severe invasive diseases necrotizing fasciitis and streptococcal toxic shock syndrome (1,2).The epidemiology of many of these diseases varies by region; pharyngitis is more common in high-income countries, and diseases such as impetigo are more common in tropical climates and low-income countries (3,4).In 2005, the mortality rate associated with GAS disease (noninvasive and invasive) was ≈500,000 deaths/year (2).GAS bacteria can be typed by identifying variability in the DNA sequence at the tip of a coiled-coil protein on the bacteria's surface (the M protein), which is encoded by the emm gene.Worldwide, there are >240 emm types (5,6).Prevalence of emm types varies according to population and geography (7).In addition, the diversity of emm types is greater in developing countries and less in more developed countries (8-10).Previous studies have shown that rates of iGAS disease are higher for indigenous populations than for other populations (11)(12)(13)(14)(15). Examples include Native Americans in Arizona and Alaska and indigenous communities in parts of Australia and northwestern Ontario, Canada.For parts of the country such as western Canada, detailed descriptive data on iGAS in the indigenous population are lacking.We previously reported increased age-standardized rates of iGAS in Alberta's general population and increasing incidence from a low of 4.2 cases/100,000 persons in 2003 to a high of 10.2 cases/100,000 persons in 2017 ( 16).On the basis of that finding, we explored whether iGAS rates also increased for the First Nations population of Alberta during the same period. Methods Case and Population DataAll iGAS cases were identified by diagnostic microbiology laboratories in Alberta, where iGAS disease is listed as a Public Health Notifiable Disease (https:// open.alberta.ca/publications/streptococcal-disease- Increasing Incidence of Invasive Group A Streptococcus Disease in First Nations Population, Alberta, Canada, 2003-2017
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».