YhcB (DUF1043), a novel cell division protein conserved across gamma-proteobacteria
Notice bibliographique
Résumé
Abstract YhcB, an uncharacterized protein conserved across gamma-proteobacteria, is composed predominantly of a single Domain of Unknown Function (DUF 1043) with an N-terminal transmembrane α-helix. Here, we show that E. coli YhcB is a conditionally essential protein that interacts with the proteins of the cell divisome (e.g., FtsI, FtsQ) and elongasome (e.g., RodZ, RodA). We found 7 interactions of YhcB that are conserved in Yersinia pestis and/or Vibrio cholerae . Furthermore, we identified several point mutations that abolished interactions of YhcB with FtsI and RodZ. The yhcB knock-out strain does not grow at 45°C and is hypersensitive to cell-wall acting antibiotics even in stationary phase. The deletion of yhcB leads to filamentation, abnormal FtsZ ring formation, and aberrant septa development. The 2.8 Å crystal structure for the cytosolic domain from Haemophilus ducreyi YhcB shows a unique tetrameric α-helical coiled-coil structure that combines parallel and anti-parallel coiled-coil intersubunit interactions. This structure is likely to organize interprotein oligomeric interactions on the inner surface of the cytoplasmic membrane, possibly involved in regulation of cell division and/or envelope biogenesis/integrity in proteobacteria. In summary, YhcB is a conserved and conditionally essential protein that is predicted to play a role in cell division and consequently or in addition affects envelope biogenesis. Importance Only 0.8 % of the protein annotations in the UniProt are based on experimental evidence and thus, functional characterization of unknown proteins remains a rate-limiting step in molecular biology. Herein, the functional properties of YhcB (DUF1043) were investigated using an integrated approach combining X-ray crystallography with genetics and molecular biology. YhcB is a conserved protein that appears to be needed for the transition from exponential to stationary growth and is involved in cell division and/or envelope biogenesis/integrity. This study will serve as a starting point for future studies on this protein family and on how cells transit from exponential to stationary survival.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».