Development of a novel real-time PCR assay for rapid detection of African swine fever virus (ASFV) strains circulating in Vietnam
Notice bibliographique
Résumé
African swine fever (ASF) continues to cause outbreaks throughout regions of Africa, Europe and Asia. The disease can cause severe morbidity and mortality resulting in serious economic losses. Since there is no vaccine available to control ASF, early detection is critical to contain and control the disease. The aim of this study was to develop a novel real-time PCR assay based on highly conserved ASFV gene E183L (p54). The limit of detection of the assay, VNUA-54 real-time PCR, was 2.63 copies/reaction and 2 Log10 HAD50/ml. The VNUA-54 real-time PCR was able to detect fifteen different ASFV reference strains representing p72 genotypes I, II and V. The assay was specific and did not amplify other swine viruses including CSF, FMD, PRRS, and PED. The diagnostic sensitivity of the real-time PCR assay was evaluated using 187 field clinical specimens collected from swine farms located in different provinces in Vietnam. The VNUA-54 real-time PCR assay is an additional tool for ASF diagnostics and can be used in combination with other p72 based ASFV real-time PCR assays as a rapid confirmatory assay.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».