Modeling the dynamic behaviors of the COPI vesicle formation regulators, the small GTPase Arf1 and its activating Sec7 guanine nucleotide exchange factor GBF1 on Golgi membranes
Notice bibliographique
Résumé
The components and subprocesses underlying the formation of COPI-coated vesicles at the Golgi are well understood. The coating cascade is initiated after the small GTPase Arf1 is activated by the Sec7 domain-containing guanine nucleotide exchange factor GBF1 (Golgi brefeldin A resistant guanine nucleotide exchange factor 1). This causes a conformational shift within Arf1 that facilitates stable association of Arf1 with the membrane, a process required for subsequent recruitment of the COPI coat. Although we have atomic-level knowledge of Arf1 activation by Sec7 domain-containing GEFs, our understanding of the biophysical processes regulating Arf1 and GBF1 dynamics is limited. We used fluorescence recovery after photobleaching data and kinetic Monte Carlo simulation to assess the behavior of Arf1 and GBF1 during COPI vesicle formation in live cells. Our analyses suggest that Arf1 and GBF1 associate with Golgi membranes independently, with an excess of GBF1 relative to Arf1. Furthermore, the GBF1-mediated Arf1 activation is much faster than GBF1 cycling on/off the membrane, suggesting that GBF1 is regulated by processes other than its interactions Arf1. Interestingly, modeling the behavior of the catalytically inactive GBF1/E794K mutant stabilized on the membrane is inconsistent with the formation of a stable complex between it and an endogenous Arf1 and suggests that GBF1/E794K is stabilized on the membrane independently of complex formation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».