Parallel reaction pathways accelerate folding of a guanine quadruplex
Notice bibliographique
Résumé
G-quadruplexes (G4s) are four-stranded, guanine-rich nucleic acid structures that can influence a variety of biological processes such as the transcription and translation of genes and DNA replication. In many cases, a single G4-forming nucleic acid sequence can adopt multiple different folded conformations that interconvert on biologically relevant timescales, entropically stabilizing the folded state. The coexistence of different folded conformations also suggests that there are multiple pathways leading from the unfolded to the folded state ensembles, potentially modulating the folding rate and biological activity. We have developed an experimental method for quantifying the contributions of individual pathways to the folding of conformationally heterogeneous G4s that is based on mutagenesis, thermal hysteresis kinetic experiments and global analysis, and validated our results using photocaged kinetic NMR experiments. We studied the regulatory Pu22 G4 from the c-myc oncogene promoter, which adopts at least four distinct folded isomers. We found that the presence of four parallel pathways leads to a 2.5-fold acceleration in folding; that is, the effective folding rate from the unfolded to folded ensembles is 2.5 times as large as the rate constant for the fastest individual pathway. Since many G4 sequences can adopt many more than four isomers, folding accelerations of more than an order of magnitude are possible via this mechanism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».