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Enregistrement W3123249373 · doi:10.7717/peerj.10756

<i>Pseudomonas chlororaphis</i> PA23 metabolites protect against protozoan grazing by the predator <i>Acanthamoeba castellanii</i>

2021· article· en· W3123249373 sur OpenAlexafffund
Akrm Ghergab, Carrie Selin, Jennifer R. Tanner, Ann Karen C. Brassinga, Teresa Dekievit

Notice bibliographique

RevuePeerJ · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLegionella and Acanthamoeba research
Établissements canadiensPublic Health Agency of CanadaUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésPseudomonas chlororaphisAcanthamoebaPredatorProtozoaMicrobiologyPseudomonasBiologyBacteriaEcologyPredation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background Pseudomonas chlororaphis strain PA23 is a biocontrol agent that is able to protect canola against the pathogenic fungus Sclerotinia sclerotiorum . This bacterium secretes a number of metabolites that contribute to fungal antagonism, including pyrrolnitrin (PRN), phenazine (PHZ), hydrogen cyanide (HCN) and degradative enzymes. In order to be successful, a biocontrol agent must be able to persist in the environment and avoid the threat of grazing predators. The focus of the current study was to investigate whether PA23 is able to resist grazing by the protozoan predator Acanthamoeba castellanii (Ac) and to define the role of bacterial metabolites in the PA23-Ac interaction. Methods Ac was co-cultured with PA23 WT and a panel of derivative strains for a period of 15 days, and bacteria and amoebae were enumerated on days 1, 5, 10 and 15. Ac was subsequently incubated in the presence of purified PRN, PHZ, and KCN and viability was assessed at 24, 48 and 72 h. Chemotactic assays were conducted to assess whether PA23 compounds exhibit repellent or attractant properties towards Ac. Finally, PA23 grown in the presence and absence of amoebae was subject to phenotypic characterization and gene expression analyses. Results PRN, PHZ and HCN were found to contribute to PA23 toxicity towards Ac trophozoites, either by killing or inducing cyst formation. This is the first report of PHZ-mediated toxicity towards amoebae. In chemotaxis assays, amoebae preferentially migrated towards regulatory mutants devoid of extracellular metabolite production as well as a PRN mutant, indicating this antibiotic has repellent properties. Co-culturing of bacteria with amoebae led to elevated expression of the PA23 phzI / phzR quorum-sensing (QS) genes and phzA and prnA , which are under QS control. PHZ and PRN levels were similarly increased in Ac co-cultures, suggesting that PA23 can respond to predator cues and upregulate expression of toxins accordingly. Conclusions PA23 compounds including PRN, PHZ and HCN exhibited both toxic and repellent effects on Ac. Co-culturing of bacteria and amoebae lead to changes in bacterial gene expression and secondary metabolite production, suggesting that PA23 can sense the presence of these would-be predators and adjust its physiology in response.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,264
Score d'incertitude au seuil0,881

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,253
Écart entre enseignants0,240 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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