Association of circulating tumor DNA from the cerebrospinal fluid with high‐risk CNS involvement in patients with diffuse large B‐cell lymphoma
Notice bibliographique
Résumé
Association of circulating tumor DNA from the cerebrospinal fluid with high-risk CNS involvement in patients with diffuse large B-cell lymphomaDear Editor, Central nervous system (CNS) involvement in diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) patients correlates with dismal outcomes, and the detection sensitivity of conventional diagnosis of lymphoma is restricted.[1][2][3][4] Circulating tumor DNA from cerebrospinal fluid (CSF-ctDNA) has played an important part in the application of liquid biopsy for patients with CNS cancers.5 In this study, we provided new insights into feasibility of CSF-derived biomarkers for CNS relapse diagnosis in DLBCL patients.In clinical setting, the diagnosis of CNS involvement is based on several clinical risk factors including individual international prognostic index (IPI), number of extranodal involvement (testicular/adrenal/kidney), and serum lactate dehydrogenase (LDH).6 CNS-IPI, which is a six-risk-factor model developed by a German group (five IPI factors with kidney/adrenal involvement) for CNS diagnosis, has been validated and proved to be useful in clinical settings.7 Other reported biological risk factors for CNS involvement included MYC gene rearrangements or MYC (MYC proto-oncogene) and BCL2 (B-cell lymphoma 2) dual translocations.8,9 To assess the correlation between CSF-ctDNA and CNS involvement in DLBCL, targeted mutational profiling was performed on CSF-and plasma-derived ctDNA together with matched systemic tumor tissues in 67 DLBCL patients clinically diagnosed as high risk for CNS involvement (Figure S1, Table S1).Genomic landscape of this DLBCL cohort in systemic tumor tissue is shown in Figure 1A.Considering both single nucleotide variant (SNV) and copy number variant (CNV), commonly mutated genes cohort included Pim-1 proto-oncogene (PIM1, 37.3%), lysine methyltransferase 2D (KMT2D,33.3%),BCL2 (27.5%), myeloid differentiation primary response 88 (MYD88, 27.5%), B-cell translocation gene 2 (BTG2, 23.5%), and tumor protein p53 (TP53, 23.5%).Majority of altered genes were involved in four important pathways including epigenetic regulation
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».