PathVisio Analysis: An Application Targeting the miRNA Network Associated with the p53 Signaling Pathway in Osteosarcoma
Notice bibliographique
Résumé
MicroRNAs (miRNAs) are small single-stranded, non-coding RNA molecules involved in the pathogenesis and progression of cancer, including osteosarcoma. We aimed to clarify the pathways involving miRNAs using new bioinformatics tools. We applied WikiPathways and PathVisio, two open-source platforms, to analyze miRNAs in osteosarcoma using miRTar and ONCO.IO as integration tools. We found 1298 records of osteosarcoma papers associated with the word “miRNA”. In osteosarcoma patients with good response to chemotherapy, miR-92a, miR- 99b, miR-193a-5p, and miR-422a expression is increased, while miR-132 is decreased. All identified miRNAs seem to be centered on the TP53 network. This is the first application of PathVisio to determine miRNA pathways in osteosarcoma. MiRNAs have the potential to become a useful diagnostic and prognostic tool in the management of osteosarcoma. PathVisio is a full pathway editor with the potentiality to illustrate the biological events, augment graphical elements, and elucidate all the physical structures and interactions with standard external database identifiers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,020 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».