Interaction Between the SNARE SYP121 and the Plasma Membrane Aquaporin PIP2;7 Involves Different Protein Domains
Notice bibliographique
Résumé
Plasma membrane intrinsic proteins (PIPs) are channels facilitating the passive diffusion of water and small solutes. Arabidopsis PIP2;7 trafficking occurs through physical interaction with SNARE proteins including the syntaxin SYP121, a plasma membrane Qa-SNARE involved in membrane fusion. To better understand the interaction mechanism, we aimed at identifying the interaction motifs in SYP121 and PIP2;7 using ratiometric bimolecular fluorescence complementation assays in Nicotiana benthamiana. SYP121 consists of four regions, N, H, Q, and C, and sequential deletions revealed that the C region, containing the transmembrane domain, as well as the H and Q regions, containing the Habc and Qa-SNARE functional domains, interact with PIP2;7. Neither the linker between the Habc and the Qa-SNARE domains nor the H or Q regions alone could fully restore the interaction with PIP2;7, suggesting that the interacting motif depends on the conformation taken by the HQ region. When investigating the interacting motif(s) in PIP2;7, we observed that deletion of the cytosolic N- and/or C- terminus led to a significant decrease in the interaction with SYP121. Shorter deletions revealed that at the N-terminal amino acid residues 18–26 were involved in the interaction. Domain swapping experiments between PIP2;7 and PIP2;6, a PIP isoform that does not interact with SYP121, showed that PIP2;7 N-terminal part up to the loop C was required to restore the full interaction signal, suggesting that, as it is the case for SYP121, the interaction motif(s) in PIP2;7 depend on the protein conformation. Finally, we also showed that PIP2;7 physically interacted with other Arabidopsis SYP1s and SYP121 orthologs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».