Specifications of the variant curation guidelines for <i>ITGA2B</i>/<i>ITGB3</i>: ClinGen Platelet Disorder Variant Curation Panel
Notice bibliographique
Résumé
Accurate and consistent sequence variant interpretation is critical to the correct diagnosis and appropriate clinical management and counseling of patients with inherited genetic disorders. To minimize discrepancies in variant curation and classification among different clinical laboratories, the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG), along with the Association for Molecular Pathology (AMP), published standards and guidelines for the interpretation of sequence variants in 2015. Because the rules are not universally applicable to different genes or disorders, the Clinical Genome Resource (ClinGen) Platelet Disorder Expert Panel (PD-EP) has been tasked to make ACMG/AMP rule specifications for inherited platelet disorders. ITGA2B and ITGB3, the genes underlying autosomal recessive Glanzmann thrombasthenia (GT), were selected as the pilot genes for specification. Eight types of evidence covering clinical phenotype, functional data, and computational/population data were evaluated in the context of GT by the ClinGen PD-EP. The preliminary specifications were validated with 70 pilot ITGA2B/ITGB3 variants and further refined. In the final adapted criteria, gene- or disease-based specifications were made to 16 rules, including 7 with adjustable strength; no modification was made to 5 rules; and 7 rules were deemed not applicable to GT. Employing the GT-specific ACMG/AMP criteria to the pilot variants resulted in a reduction of variants classified with unknown significance from 29% to 20%. The overall concordance with the initial expert assertions was 71%. These adapted criteria will serve as guidelines for GT-related variant interpretation to increase specificity and consistency across laboratories and allow for better clinical integration of genetic knowledge into patient care.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,069 | 0,133 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,009 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,008 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».