Invasive Mould Disease in Fatal COVID-19: A Systematic Review of Autopsies
Notice bibliographique
Résumé
Background Invasive mould disease (IMD) – most commonly pulmonary aspergillosis - is reported to affect up to a third of critically ill COVID-19 patients. Most reported cases are diagnosed with probable/putative COVID-19 associated pulmonary aspergillosis (CAPA) based on a combination of non-specific clinical, radiographic, and mycological findings, but the clinical significance – and whether these cases represent true invasive disease – is unresolved. Methods We performed a systematic review of autopsy series of decedents with COVID-19 for evidence of IMD. We searched PubMed, Web of Science, OVID (Embase) and MedRxiv for English- or French-language case series published between January 1, 2019 to September 26, 2020. We included series describing lung histology of ≥3 decedents, and authors were contacted for missing information as necessary. Findings We identified 51 case series describing autopsies of 702 decedents. Individual-level data was available for 430 decedents. The median age was 72 (IQR 61 to 80) years. Diabetes mellitus, pre-existing lung disease, and immunocompromising conditions were reported for 129 (32%), 95 (22%), and 25 (6%) decedents, respectively. The median hospitalization length was 10 (IQR 5-22) days. 51.6% of decedents had received mechanical ventilation for a median of nine (IQR 5-20) days. Treatment included immunomodulation in 60 (most often steroids or tocilizumab) and antifungals in 41 decedents. Eleven decedents (1·6%) had autopsy-confirmed IMD (6 with CAPA, 4 with invasive pulmonary mycosis not specified and 1 with disseminated mucormycosis). Among 173 decedents who received mechanical ventilation, 5 had IMD (2·9%). Interpretation Autopsy-proven IMD, including CAPA, is uncommon in fatal COVID-19. Funding This study is unfunded Category Review
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,022 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,015 | 0,014 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».