Molecular characterisation of the first New Delhi metallo-β-lactamase 1-producing <i>Acinetobacter baumannii</i> from Tanzania
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: We aimed to characterise the genetic determinants and context of two meropenem-resistant clinical isolates of Acinetobacter baumannii isolated from children hospitalised with bloodstream infections in Dar es Salaam, Tanzania. METHODS: Antimicrobial susceptibility was determined by disc diffusion E-test and broth microdilution. Genomes were completed using a hybrid assembly of Illumina and Oxford Nanopore Technologies sequencing reads and characterisation of the genetic context of resistance genes, multi-locus sequence types (STs) and phylogenetic analysis was determined bioinformatically. RESULTS: Twelve A. baumannii were isolated from 2226 blood cultures, two of which were meropenem-resistant. The two meropenem-resistant isolates, belonging to distinct STs, ST374 and ST239, were found to harbour blaNDM-1, which was chromosomally located in isolate DT0544 and plasmid-located in isolate DT01139. The genetic environment of blaNDM-1 shows the association of insertion sequence ISAba125 with blaNDM-1 in both isolates. Both isolates also harboured genes conferring resistance to other β-lactams, aminoglycosides and cotrimoxazole. CONCLUSIONS: This is the first report of New Delhi metallo-β-lactamase-producing isolates of A. baumannii from Tanzania. The genetic context of blaNDM-1 provides further evidence of the importance of ISAba125 in the spread of blaNDM-1 in A. baumannii. Local surveillance should be strengthened to keep clinicians updated on the incidence of these and other multidrug-resistant and difficult-to-treat bacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».