Structural characterization of the family GH115 α-glucuronidase from Amphibacillus xylanus yields insight into its coordinated action with α-arabinofuranosidases
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Notice bibliographique
Résumé
The coordinated action of carbohydrate-active enzymes has mainly been evaluated for the purpose of complete saccharification of plant biomass (lignocellulose) to sugars. By contrast, the coordinated action of accessory hemicellulases on xylan debranching and recovery is less well characterized. Here, the activity of two family GH115 α-glucuronidases (SdeAgu115A from Saccharophagus degradans, and AxyAgu115A from Amphibacillus xylanus) on spruce arabinoglucuronoxylan (AGX) was evaluated in combination with an α-arabinofuranosidase from families GH51 (AniAbf51A, aka E-AFASE from Aspergillus niger) and GH62 (SthAbf62A from Streptomyces thermoviolaceus). The α-arabinofuranosidases boosted (methyl)-glucuronic acid release by SdeAgu115A by approximately 50 % and 30 %, respectively. The impact of the α-arabinofuranosidases on AxyAgu115A activity was comparatively low, motivating its structural characterization. The crystal structure of AxyAgu115A revealed increased length and flexibility of the active site loop compared to SdeAgu115A. This structural difference could explain the ability of AxyAgu115A to accommodate more highly substituted arabinoglucuronoxylan, and inform enzyme selections for improved AGX recovery and use.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle