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Enregistrement W3126247609 · doi:10.1016/j.vetmic.2021.109006

Genomics accurately predicts antimicrobial resistance in Staphylococcus pseudintermedius collected as part of Vet-LIRN resistance monitoring

2021· article· en· W3126247609 sur OpenAlexaff
Gregory H. Tyson, Olgica Cerić, Jake Guag, Sarah M. Nemser, Stacey Borenstein, Ðurđa Slavić, Sarah J. Lippert, Rebecca McDowell, Aparna Krishnamurthy, Shannon Korosec, Cheryl Friday, Neil Pople, Matthew E. Saab, Julie‐Hélène Fairbrother, Isabelle Janelle, Deanna McMillan, Yugendar R. Bommineni, David Simon, Shipra Mohan, Susan Sánchez, Ashley Phillips, Paula Bartlett, Hemant Naikare, Cynthia K. Watson, Orhan Şahin, Chloe C. Stinman, Leyi Wang, Carol W. Maddox, Vanessa DeShambo, G. Kenitra Hendrix, Debra Lubelski, Amy Burklund, Brian V. Lubbers, Debbie Reed, Tracie M. Jenkins, Erdal Erol, Mukeshbhai Patel, Stephan Locke, Jordan Fortner, Laura Peak, Udeni B. R. Balasuriya, Rinosh Mani, Niesa Kettler, Karen Ege Olsen, Shuping Zhang, Zhenyu Shen, Martha Pulido Landinez, Jay Kay Thornton, Anil Thachil, Melissa Byrd, Megan E. Jacob, Darlene F. Krogh, Brett T. Webb, Lynn Schaan, Amar Patil, Sarmila Dasgupta, Shannon Mann, Laura B. Goodman, Rebecca Franklin‐Guild, Renee Anderson, Patrick K. Mitchell, Brittany D. Cronk, Missy Aprea, Jing Cui, Dominika A. Jurkovic, Melanie Prarat, Yan Zhang, Katherine Shiplett, Dubraska Diaz Campos, Joany Van Balen Rubio, Akhilesh Ramanchandran, Scott Talent, Deepanker Tewari, Nagaraja Thirumalapura, Donna Kelly, Denise Barnhart, Lacey Hall, Shelley C. Rankin, Jaclyn Dietrich, Stephen D. Cole, Joy Scaria, Linto Antony, Sara D. Lawhon, Jing Wu, Christine McCoy, Kelly R. Dietz, Rebecca Wolking, Trevor L. Alexander, Claire R. Burbick, Renate Reimschuessel

Notice bibliographique

RevueVeterinary Microbiology · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAntimicrobial Resistance in Staphylococcus
Établissements canadiensShared HealthCanadian Veterinary Medical AssociationUniversity of Prince Edward IslandAgriculture Food and Rural DevelopmentUniversity of SaskatchewanUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesU.S. Food and Drug AdministrationNational Institutes of Health
Mots-clésStaphylococcus pseudintermediusBiologyAntibiotic resistanceResistomeBroth microdilutionAntimicrobialStaphylococcus aureusrpoBSalmonella entericaMicrobiologyGenotypeSalmonellaDrug resistanceStaphylococcusGeneticsGeneAntibioticsMinimum inhibitory concentrationBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,153
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,041
Tête enseignante GPT0,306
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations33
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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