Experimental eye research / short communication format characterization of DNA hydroxymethylation in the ocular choroid
Notice bibliographique
Résumé
DNA methylation and hydroxymethylation represent important epigenetic modifications involved in cell differentiation. DNA hydroxymethylation can be used to classify independent biological samples by tissue type. Relatively little is known regarding the genomic abundance and function of 5-hydroxymethylcytosine (5-hmC) in ocular tissues. The choroid supplies oxygen and nutrients to the outer retina through its dense network of blood vessels. This connective tissue is mainly composed of pigmented melanocytes, and stromal fibroblasts. Since DNA hydroxymethylation level is relatively high in cutaneous melanocytes, we investigated the presence of 5-hmC in choroidal melanocytes, as well as the expression of ten-eleven translocation methylcytosine dioxygenases (TETs) and isocitrate dehydrogenases (IDHs) implicated in this DNA demethylation pathway. Immunofluorescence, DNA slot blots and liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry performed with choroidal tissues and melanocytes within these tissues revealed that they have a relatively high level of 5-hmC. We also examined the expression of TET1/2 and IDH1/2 in choroidal melanocytes by gene expression profiling, qPCR and Western blotting. In addition, we detected decreased levels of 5-hmC when choroidal melanocytes were exposed to a lower concentration of oxygen. Our study therefore demonstrates that DNA hydroxymethylation is present in choroidal melanocytes, and that the abundance of this epigenetic mark is impacted by hypoxia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».