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Enregistrement W3126891960 · doi:10.1101/2021.01.28.428651

Methylation of histone H3 lysine 4 is required for maintenance of beta cell function in adult mice

2021· preprint· en· W3126891960 sur OpenAlexafffund
Ben Vanderkruk, Nina Maeshima, Daniel J. Pasula, Meilin An, Cassandra McDonald, Francis C. Lynn, Dan S. Luciani, Brad G. Hoffman

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePancreatic function and diabetes
Établissements canadiensBC Children's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesBC Children's HospitalMcGill University
Mots-clésH3K4me3EpigeneticsBiologyHistone H3HistoneEpigenomePRC2TranscriptomeCell biologyGene expressionRegulation of gene expressionGene silencingDNA methylationGeneEndocrinologyGeneticsPromoter

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Pancreatic β-cells control glucose homeostasis via regulated production and secretion of insulin. This function arises from a highly specialized gene expression program which is established during development and then sustained, with limited flexibility, in terminally differentiated β-cells. Dysregulation of this program is seen in type 2 diabetes (T2D) but mechanisms that preserve gene expression or underlie its dysregulation in mature β-cells are not well resolved. Here we show that trithorax group-dependent histone H3 lysine 4 trimethylation (H3K4me3) maintains expression of genes important for insulin biosynthesis and glucose-responsiveness in β-cells. Transcriptional changes in H3K4me3-deficient β-cells lead to severe hyperglycemia in adult mice. We show that H3K4me3 deficiency leads to a less active and more repressed epigenome profile, which locally correlates with gene expression deficits but does not globally reduce gene expression. Instead, developmentally regulated genes and genes in weakly active or suppressed states particularly rely on H3K4 methylation. We then show that H3K4me3 is re-organized in diabetic Lepr db/db mouse islets in favour of weakly active and disallowed genes at the expense of terminal β-cell markers with broad H3K4me3 peaks. Our results point to key roles of H3K4me3 in maintaining mature β-cell function and establishing a dysfunctional transcriptome in diabetic islets.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,250
Écart entre enseignants0,234 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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