An In Silico Approach to Enzymatic Synthesis of Fucooligosaccharides Using α-l-Fucosidase from Thermotoga maritima
Notice bibliographique
Résumé
Fucooligosaccharides comprise the primary group of human milk oligosaccharides. Due to their beneficial properties, a series of synthetic methods have been proposed to obtain them. Enzymatic methods show great promise, and α-l-fucosidase from Thermotoga maritima has emerged as a powerful catalyst for their production. Nonetheless, the enzyme’s limited substrate scope has delayed its wider application. The present work aims to compare the relative reactivity of fucose, pNP-fucose, and ethyl-fucose, while also exploring the molecular interactions of these fucosyl-donors with the enzyme through a combination DFT and docking analysis. The HOMO-LUMO band gaps range from −7.14571 to −4.24429 eV, with α/β-pNP-fucose and α-fucose being the three most reactive compounds. Moderate association energies between −6.4 to −5.5 kcal·mol−1 were found in the docking analysis, with α-pNP-fucose and both anomers of ethyl-fucose demonstrating the poorest affinity. In the case of α/β-lactose affinity to the β-fucose/enzyme complex, no significant differences were shown. We conclude that the best fucosyl-donors for transfucosylation are those that maintain an enzyme affinity and reactivity similar to pNP-fucose.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».