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Enregistrement W3126952673 · doi:10.1139/facets-2020-0055

Establishment, contagiousness, and initial spread of SARS-CoV-2 in Canada

2021· article· en· W3126952673 sur OpenAlexafffundvenueabout
Martin Krkošek, Madeline Jarvis‐Cross, Kiran Wadhawan, Isha Berry, Jean‐Paul Soucy, Korryn Bodner, Ariel Greiner, Leila Krichel, Stephanie R. Penk, Dylan Shea, Juan S. Vargas Soto, Ed W. Tekwa, Nicole Mideo, Péter K. Molnár

Notice bibliographique

RevueFACETS · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMathematics
ThématiqueCOVID-19 epidemiological studies
Établissements canadiensPublic Health OntarioUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésContact tracingTransmission (telecommunications)DemographySevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)Coronavirus disease 2019 (COVID-19)StatisticsGeography2019-20 coronavirus outbreakMedicineMathematicsOutbreakComputer scienceTelecommunicationsVirologyInfectious disease (medical specialty)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

This study empirically quantifies dynamics of SARS-CoV-2 establishment and early spread in Canada. We developed a transmission model that was simulation tested and fitted in a Bayesian framework to timeseries of new cases per day prior to physical distancing interventions. A hierarchical version was fitted to all provinces simultaneously to obtain average estimates for Canada. Across scenarios of a latent period of 2–4 d and an infectious period of 5–9 d, the R 0 estimate for Canada ranges from a minimum of 3.0 (95% CI: 2.3–3.9) to a maximum of 5.3 (95% CI: 3.9–7.1). Among provinces, the estimated commencement of community transmission ranged from 3 d before to 50 d after the first reported case and from 2 to 25 d before the first reports of community transmission. Among parameter scenarios and provinces, the median reduction in transmission needed to obtain R 0 < 1 ranged from 46% (95% CI: 43%–48%) to 89% (95% CI: 88%–90%). Our results indicate that local epidemics of SARS-CoV-2 in Canada entail high levels of stochasticity, contagiousness, and observation delay, which facilitates rapid undetected spread and requires comprehensive testing and contact tracing for its containment.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,362
Score d'incertitude au seuil0,363

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,207
Tête enseignante GPT0,409
Écart entre enseignants0,202 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2021
Routes d'admission4
Résumé présentoui

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