High Resolution Melt Analysis as an SNP Genotyping Tool in Arabidopsis thaliana
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are a common type of mutation in most species. An insertion/deletion mutation (in/del) is a type of SNP which denotes the addition or removal of nucleotides, and are genotyped using the same methodology as SNPs. SNPs are typically genotyped by using polymerase chain reaction (PCR) to amplify a specific fragment of the genome and use various sequencing methods to detect the SNPs present. High resolution melt analysis (HRM) is a technique used to precisely measure the annealing temperatures of the product DNA during quantitative PCR. Here, we report HRM analysis to screen for tt4-4, an in/del mutation of the TRANSPARENT TESTA (TT4, At5g 13930) gene in A.thaliana, in which there exists an extra C:G base pair. With HRM we can accurately determine the zygosity of each plant based on the slight differences in annealing temperatures between the amplicons produced by the wildtype and mutant alleles. HRM provides us with an inexpensive, high-throughput method of genotyping SNPs, which is used in a number of applications, including fast medical diagnostics, zygosity testing, and screening for DNA methylation patterns (Wojdacz & Dobrovic 2007, NAR 35(6):e41). * Indicates faculty mentor.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle