Sleuthing biochemical evidence to elucidate unassigned electron density in a CBL–SLAP2 crystal complex
Notice bibliographique
Résumé
The Src-like adaptor proteins (SLAP/SLAP2) bind to CBL E3 ubiquitin ligase to downregulate antigen, cytokine and tyrosine kinase receptor signalling. In contrast to the phosphotyrosine-dependent binding of CBL substrates through its tyrosine kinase-binding domain (TKBD), CBL TKBD associates with the C-terminal tail of SLAP2 in a phospho-independent manner. To understand the distinct nature of this interaction, a purification protocol for SLAP2 in complex with CBL TKBD was established and the complex was crystallized. However, determination of the complex crystal structure was hindered by the apparent degradation of SLAP2 during the crystallization process, such that only the CBL TKBD residues could initially be modelled. Close examination of the CBL TKBD structure revealed a unique dimer interface that included two short segments of electron density of unknown origin. To elucidate which residues of SLAP2 to model into this unassigned density, a co-expression system was generated to test SLAP2 deletion mutants and define the minimal SLAP2 binding region. SLAP2 degradation products were also analysed by mass spectrometry. The model-building and map-generation features of the Phenix software package were employed, leading to successful modelling of the C-terminal tail of SLAP2 into the unassigned electron-density segments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».