Specific Assay of Negative Strand Template to Quantify Intracellular Levels of Rhinovirus Double-Stranded RNA
Notice bibliographique
Résumé
Human rhinovirus infections are a major trigger for acute exacerbations of lower airway diseases, including asthma and chronic obstructive pulmonary disease. Disease exacerbation is thought to be regulated via double-stranded RNA (dsRNA)-mediated signaling of proinflammatory and host defense responses in airway epithelial cells. Despite the central role of dsRNA in regulating host cell responses, no method for the quantitative assessment of dsRNA levels during HRV infections has been developed. Conventional RT-PCR for the negative strand template is not effective as self-priming results in apparent signals, even in the absence of primer during reverse transcription. To avoid these issues, we developed a selective assay for the negative strand template that uses a chimeric primer containing a 5' non-viral sequence for reverse transcription and a primer using the non-viral sequence during subsequent PCR. We established that this assay avoided issues of self-priming and is strand specific, as it is unaffected even in the presence of a 1000-fold excess of positive strand. Assays in primary human airway epithelial cells showed that negative strand was detectable within 6 h of virus exposure and peaked at 18 h after virus exposure. The temporal pattern of negative strand induction mirrored that of genomic RNA but was always 1000-fold lower than positive strand, indicating that the negative strand levels regulate levels of dsRNA formation. This assay will permit relative quantification of dsRNA during studies of HRV regulation of epithelial cell function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».