Expression attenuation as a mechanism of robustness against gene duplication
Notice bibliographique
Résumé
Gene duplication is ubiquitous and a major driver of phenotypic diversity across the tree of life, but its immediate consequences are not fully understood. Deleterious effects would decrease the probability of retention of duplicates and prevent their contribution to long-term evolution. One possible detrimental effect of duplication is the perturbation of the stoichiometry of protein complexes. Here, we measured the fitness effects of the duplication of 899 essential genes in the budding yeast using high-resolution competition assays. At least 10% of genes caused a fitness disadvantage when duplicated. Intriguingly, the duplication of most protein complex subunits had small to nondetectable effects on fitness, with few exceptions. We selected four complexes with subunits that had an impact on fitness when duplicated and measured the impact of individual gene duplications on their protein-protein interactions. We found that very few duplications affect both fitness and interactions. Furthermore, large complexes such as the 26S proteasome are protected from gene duplication by attenuation of protein abundance. Regulatory mechanisms that maintain the stoichiometric balance of protein complexes may protect from the immediate effects of gene duplication. Our results show that a better understanding of protein regulation and assembly in complexes is required for the refinement of current models of gene duplication.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».