The Possible Roles of Long Non-Coding RNAs FOXD2-AS1 and LINC00968 in Breast Cancer: Case-Control Study and in Silico Analysis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Breast Cancer (BC) is the most common cancer in women worldwide. Long non-coding RNAs (lncRNAs) are regulatory non-coding transcripts and longer than 200 nucleotides. lncRNAs can affect many biological and pathological processes and dysregulation of them is related and studied in many human diseases like, cancers. We performed this study to evaluate the probable functions of lncRNAs FOXD2-AS1 and LINC00968 in breast cancer. Methods: The tumor tissue and adjacent non-tumor tissue specimens of luminal A and B breast cancer (the most frequent subtypes of breast cancer) were used to analyze the expression of these two lncRNAs, using the qRT-PCR technique. Furthermore, two luminal A breast cancer cell lines, MCF7 and T47D, were used to evaluate the expression of FOXD2-AS1 and LINC00968 compared with control breast cell line, MCF10A. Because of the luminal subtypes are the most frequent subtypes of breast cancer and also the most common subtypes among breast cancer patients, the present study was generally focused on the luminal and breast cancer. Also, some in silico analyses were done according to some databases and software for better understanding about the potential functions of mentioned lncRNAs in breast cancer. Results: Our data indicated the significant upregulation and downregulation of FOXD2-AS1 and LINC00968, respectively, in tumor tissues and breast cancer cell lines (MCF7, T47D). The bioinformatic analyses confirmed the experimental results. FOXD2-AS1 expression was positively associated with p53 protein and LINC00968 expression was negatively associated with tumor stage and lymph node metastasis. According to our findings, LINC00968 might be function as a tumor suppressor gene in breast cancer and this lncRNA might function in some cellular signaling pathways, like PI3K/Akt and Ras signaling pathways based on the co-expressed genes, but more investigations are required. Conclusions: The two mentioned lncRNAs might play roles in breast cancer pathogenesis but more experimental studies are needed to explore the mechanisms of the functions of these two lncRNAs in breast cancer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».