Malvaviscus yellow mosaic virus, a divergent begomovirus carrying a nanovirus‐like nonanucleotide and a modified stem‐loop structure
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Begomoviruses (family Geminiviridae) have a circular, ssDNA genome encapsidated in twinned icosahedral particles. Numerous begomoviruses infecting noncultivated malvaceous plants have been described, and evidence suggests that they may have given rise to some of the viruses currently found in crop plants. Here we describe an atypical begomovirus infecting ornamental Turk's hat plants (Malvaviscus arboreus, Malvaceae). Total DNA was extracted, and the viral genome was amplified by rolling‐circle amplification (RCA), cloned and sequenced. Sequence and phylogenetic analyses indicated that the virus corresponds to a new begomovirus phylogenetically related to other malvaceous‐infecting begomoviruses from Brazil, and for which the name malvaviscus yellow mosaic virus (MvYMV) is proposed. M. arboreus plants inoculated with MvYMV infectious clones showed bright yellow mosaic and the virus progeny was identical to the isolate inoculated, thus fulfilling Koch's postulates. Strikingly, MvYMV has a nanovirus/alphasatellite‐like nonanucleotide sequence (5′‐TAGTATTAC‐3′). Moreover, a short sequence located 5′ of the nonanucleotide potentially forms a minor hairpin structure embedded in the major hairpin. Intramolecular interactions involving the sequence of the atypical hairpin structure were predicted and functional analyses were conducted to assess its biological relevance, revealing that the MvYMV Rep protein recognises this unique replication origin but not the typical begomovirus origin. Thus, MvYMV is a begomovirus with an atypical origin of replication and naturally found in noncultivated malvaceous plants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».