Phospho-Form Specific Substrates of Protein Kinase B (AKT1)
Notice bibliographique
Résumé
Protein kinase B (AKT1) is hyper-activated in diverse human tumors. AKT1 is activated by phosphorylation at two key regulatory sites, Thr308 and Ser473. Active AKT1 phosphorylates many, perhaps hundreds, of downstream cellular targets in the cytosol and nucleus. AKT1 is well-known for phosphorylating proteins that regulate cell survival and apoptosis, however, the full catalog of AKT1 substrates remains unknown. Using peptide arrays, we recently discovered that each phosphorylated form of AKT1 (pAKT1S473, pAKT1T308, and ppAKT1S473,T308) has a distinct substrate specificity, and these data were used to predict potential new AKT1 substrates. To test the high-confidence predictions, we synthesized target peptides representing putative AKT1 substrates. Peptides substrates were synthesized by solid phase synthesis and their purity was confirmed by mass spectrometry. Most of the predicted peptides showed phosphate accepting activity similar to or greater than that observed with a peptide derived from a well-established AKT1 substrate, glycogen synthase kinase 3β (GSK-3β). Among the novel substrates, AKT1 was most active with peptides representing PIP3-binding protein Rab11 family-interacting protein 2 and cysteinyl leukotriene receptor 1, indicating their potential role in AKT1-dependent cellular signaling. The ppAKT1S473,T308 enzyme was highly selective for peptides containing a patch of basic residues at −5, −4, −3 and aromatic residues (Phe/Tyr) at +1 positions from the phosphorylation site. The pAKT1S473 variant preferred more acidic peptides, Ser or Pro at +4, and was agnostic to the residue at −5. The data further support our hypothesis that Ser473 phosphorylation plays a key role in modulating AKT1 substrate selectivity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».