Extracellular matrix degradation pathways and fatty acid metabolism regulate distinct pulmonary vascular cell types in pulmonary arterial hypertension
Notice bibliographique
Résumé
Pulmonary arterial hypertension describes a group of diseases characterised by raised pulmonary vascular resistance, resulting from vascular remodelling in the pre‐capillary resistance arterioles. Left untreated, patients die from right heart failure. Pulmonary vascular remodelling involves all cell types but to date the precise roles of the different cells is unknown. This study investigated differences in basal gene expression between pulmonary arterial hypertension and controls using both human pulmonary microvascular endothelial cells and human pulmonary artery smooth muscle cells. Human pulmonary microvascular endothelial cells and human pulmonary artery smooth muscle cells from pulmonary arterial hypertension patients and controls were cultured to confluence, harvested and RNA extracted. Whole genome sequencing was performed and after transcript quantification and normalisation, we examined differentially expressed genes and applied gene set enrichment analysis to the differentially expressed genes to identify putative activated pathways. Human pulmonary microvascular endothelial cells displayed 1008 significant ( p ≤ 0.0001) differentially expressed genes in pulmonary arterial hypertension samples compared to controls. In human pulmonary artery smooth muscle cells, there were 229 significant ( p ≤ 0.0001) differentially expressed genes between pulmonary arterial hypertension and controls. Pathway analysis revealed distinctive differences: human pulmonary microvascular endothelial cells display down‐regulation of extracellular matrix organisation, collagen formation and biosynthesis, focal‐ and cell‐adhesion molecules suggesting severe endothelial barrier dysfunction and vascular permeability in pulmonary arterial hypertension pathogenesis. In contrast, pathways in human pulmonary artery smooth muscle cells were mainly up‐regulated, including those for fatty acid metabolism, biosynthesis of unsaturated fatty acids, cell–cell and adherens junction interactions suggesting a more energy‐driven proliferative phenotype. This suggests that the two cell types play different mechanistic roles in pulmonary arterial hypertension pathogenesis and further studies are required to fully elucidate the role each plays and the interactions between these cell types in vascular remodelling in disease progression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».