Bioinformatics Analysis of Cellulose Synthase <i>CesA</i> Gene from <i>Miscanthus lutarioriparius</i>
Notice bibliographique
Résumé
Based on 3 generations transcriptome sequencing technology-PacBio SMRT single-molecule real-time sequencing method, supplemented with 2 generation sequencing method, a complete and accurate unigene library was constructed. After comparing with closely related species, the cellulose synthase gene ( CesA ) 4 , 7 , 9 gene sequences of Miscanthus lutarioriparius were spliced and named as MlCesA4 , MlCesA7 and MlCesA9 . Then, Bioinformatics analysis software was used to construct phylogenetic trees of proteins, to predict and analyze the phosphorylation sites of post-translational modifications of amino acids, and to predict and analyze conserved domains of proteins.The analysis results showed that the sequence lengths of MlCesA 4, 7, 9 genes were 2980 bp, 3310 bp, and 3208 bp, respectively, which were closely related to Sorghum bicolor and Zea mays ; cellulose synthase of Miscanthus lutarioriparius (MlCesA) MlCesA4 and MlCesA9 have 43 phosphorylation sites, MlCesA7 has 48 phosphorylation sites; MlCesA4 is an unstable protein with 6 transmembrane domains, 4 domains are outside the membrane and 3 are inside the membrane.; MlCesA7 and MlCesA9 are stable proteins, both of which have 8 transmembrane domains, 5 domains are outside the membrane and 4 are inside the membrane. The three are all hydrophilic proteins, and the secondary structure is dominated by α-helix and random coils.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».