Description of Sphingobium psychrophilum sp. nov., a cold-adapted bacterium isolated from Arctic soil
Notice bibliographique
Résumé
A yellow-coloured, Gram-stain-negative, non-sporulating, psychrotolerant and motile bacterium, designated AR-3-1 T , was isolated from the Arctic soil of Cambridge Bay, Nunavut, Canada. Strain AR-3-1 T could grow at 4–32 °C and pH 5.0– 11.0. Phylogenetic analysis based on its 16S rRNA gene sequence indicated that strain AR-3-1 T formed a lineage within the family Sphingomonadaceae and clustered as a member of the genus Sphingobium . The closest members within this genus were Sphingobium cupriresistens CU4 T (98.1 % sequence similarity), Sphingobium vermicomposti VC-230 T (97.6 %) and Sphingobium lactosutens DS20 T (97.5 %). The only respiratory quinone was the ubiquinone Q-10. Spermidine was the predominant polyamine. The principal cellular fatty acids were summed feature 8 (C 18 : 1 ω 7 c and/or C 18 : 1 ω 6 c ), summed feature 3 (iso-C 15 : 0 2-OH and/or C 16 : 1 ω 7 c ), C 16 : 0 and C 14 : 0 2-OH. The major polar lipids were phosphatidylethanolamine, phosphatidylmonomethylethanolamine, phosphatidyldimethylethanolamine, diphosphatidylglycerol, phosphatidylglycerol, sphingoglycolipid and phosphoglycolipid. The DNA G+C content was 63.1 %. The average nucleotide identity and in silico DNA–DNA hybridization relatedness values between strain AR-3-1 T and its most closely related genus members were ≤89.6 and 39.6 %, respectively. The genome was 5 162 327 bp long, with 83 scaffolds and 4824 protein-coding genes. The genome showed six putative biosynthetic gene clusters responsible for various secondary metabolites. Based on this polyphasic study, strain AR-3-1 T represents a novel species within the genus Sphingobium , for which the name Sphingobium psychrophilum sp. nov. is proposed. The type strain is AR-3-1 T (=KACC 21613 T =NBRC 114604 T ).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».