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Enregistrement W3129379232 · doi:10.1038/s41588-021-00791-5

The NCI Genomic Data Commons

2021· article· pl· W3129379232 sur OpenAlexaff
Allison P. Heath, Vincent Ferretti, Stuti Agrawal, Maksim An, James C. Angelakos, Renuka Arya, Rosita Bajari, Bilal Baqar, Justin H. B. Barnowski, Jeffrey Burt, Ann Catton, Brandon F. Chan, Fay Chu, Kim Cullion, Tanja M. Davidsen, Phuong-My Do, Christian Dompierre, Martin L. Ferguson, Michael Fitzsimons, Michael E. Ford, Miyuki Fukuma, Sharon Gaheen, Gajanan Ganji, Tzintzuni I. Garcia, Sameera S. George, Daniela S. Gerhard, Francois Gerthoffert, Fauzi Gomez, Kang Han, Kyle M. Hernandez, Biju Issac, Richard F. W. Jackson, Mark A. Jensen, Sid Joshi, Ajinkya Kadam, Aishmit Khurana, Kyle M. J. Kim, Victoria E. Kraft, Shenglai Li, Tara M. Lichtenberg, Janice Lodato, Laxmi Lolla, Plamen Martinov, Jeffrey A. Mazzone, Daniel P. Miller, Ian Miller, Joshua S. Miller, Koji Miyauchi, Mark W. Murphy, Thomas Nullet, Rowland O. Ogwara, Francisco Ortuño, Phuong Lan Pham, Maxim Y. Popov, James J. Porter, Ray Powell, Karl Rademacher, Colin P. Reid, Samantha Rich, Bessie Rogel, Himanso Sahni, Jeremiah Savage, Kyle A. Schmitt, Trevar Simmons, Joseph Sislow, Jonathan Spring, Lincoln Stein, S. Mažeika P. Sullivan, Yajing Tang, Mathangi Thiagarajan, Heather D. Troyer, Chang Wang, Zhining Wang, Bedford L. West, Alex Wilmer, Shane Wilson, Kaman Wu, William P. Wysocki, Linda Xiang, Joseph T. Yamada, Liming Yang, Christine Yu, Christina K. Yung, Jean C. Zenklusen, Junjun Zhang, Zhenyu Zhang, Yuanheng Zhao, Ariz Zubair, Louis M. Staudt, Robert L. Grossman

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2021
Typearticle
Languepl
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensTerahertz Technology Solutions (Canada)Centre Hospitalier Universitaire Sainte-JustineOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesNational Cancer Institute
Mots-clésBiologyPetabyteGenomicsCommonsInterface (matter)CancerComputational biologyGeneticsBig dataGenomeData miningGeneComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,012
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,097
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,291
Score d'incertitude au seuil0,974

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0120,097
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0070,014
Études des sciences et des technologies0,0020,003
Communication savante0,0120,009
Science ouverte0,0070,013
Intégrité de la recherche0,0040,007
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,2910,256

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,275
Écart entre enseignants0,262 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations211
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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