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Enregistrement W3129723121 · doi:10.1016/j.mcpro.2021.100064

Proximity-dependent Mapping of the Androgen Receptor Identifies Kruppel-like Factor 4 as a Functional Partner

2021· article· en· W3129723121 sur OpenAlexafffund
Lauriane Vélot, Frédéric Lessard, Félix‐Antoine Bérubé‐Simard, Christophe Tav, Bertrand Neveu, Valentine Teyssier, Imène Boudaoud, Ugo Dionne, Noémie Lavoie, Steve Bilodeau, Frédéric Pouliot, Nicolas Bisson

Notice bibliographique

RevueMolecular & Cellular Proteomics · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEstrogen and related hormone effects
Établissements canadiensUniversité LavalHôtel-Dieu de QuébecCentre hospitalier de l'Université LavalPROTEOCentre hospitalier universitaire de Québec
Organismes subventionnairesFonds de Recherche du Québec - SantéCanada Research ChairsCanada Foundation for InnovationCanadian Institutes of Health ResearchCanadian Urological Oncology Group
Mots-clésAndrogen receptorKLF4BiologyTranscription factorProstate cancerAndrogenCancer researchCell biologyEndocrinologyGeneCancerGeneticsSOX2Hormone

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Prostate cancer (PCa) is the most frequently diagnosed cancer in men and the third cause of cancer mortality. PCa initiation and growth are driven by the androgen receptor (AR). The AR is activated by androgens such as testosterone and controls prostatic cell proliferation and survival. Here, we report an AR signaling network generated using BioID proximity labeling proteomics in androgen-dependent LAPC4 cells. We identified 31 AR-associated proteins in nonstimulated cells. Strikingly, the AR signaling network increased to 182 and 200 proteins, upon 24 h or 72 h of androgenic stimulation, respectively, for a total of 267 nonredundant AR-associated candidates. Among the latter group, we identified 213 proteins that were not previously reported in databases. Many of these new AR-associated proteins are involved in DNA metabolism, RNA processing, and RNA polymerase II transcription. Moreover, we identified 44 transcription factors, including the Kru¨ppel-like factor 4 (KLF4), which were found interacting in androgen-stimulated cells. Interestingly, KLF4 repressed the well-characterized AR-dependent transcription of the KLK3 (PSA) gene; AR and KLF4 also colocalized genome-wide. Taken together, our data report an expanded high-confidence proximity network for AR, which will be instrumental to further dissect the molecular mechanisms underlying androgen signaling in PCa cells.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,879

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,213
Écart entre enseignants0,203 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations21
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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