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Enregistrement W3129910830 · doi:10.1158/1538-7445.sabcs20-ps5-46

Abstract PS5-46: Introduction and clinical validation of metrology standards for immunohistochemistry (IHC); New tool for standardization of estrogen receptor (ER) IHC assay in breast cancer

2021· article· en· W3129910830 sur OpenAlexaffabout
Emina Torlakovic, Seshi R. Sompuram, Kodela Vani, Lili Wang, Anika K. Schaedle, Paul C. DeRose, Steven A. Bogen

Notice bibliographique

RevueCancer Research · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBreast Cancer Treatment Studies
Établissements canadiensUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésEstrogen receptorImmunohistochemistryGold standard (test)TraceabilityEstrogenAnalyteBreast cancerTissue microarrayCancerMedicinePathologyComputer scienceInternal medicineChemistryChromatography

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Traceability of measurement to a higher order reference standard is a foundation of laboratory testing. There is as yet no method for creating reference standards for cellular proteins in situ in an analogous fashion as for soluble analytes. At present, IHC laboratories produce results for breast cancer hormone receptors without connection to a reference standard. Not surprisingly, high rates of testing variation as well as discrepancies among IHC laboratories have been reported. To address this need, we developed a system of measurement traceability using a linked fluorescein tag for creating reference standards for any cellular analyte and, as a first test, validate it for estrogen receptor (ER) testing. In this study, the newly developed ER standard defines and compares the thresholds separating “high positive”, “low positive”, and “negative” tests according to updated ASCO/CAP guidelines as detected by clinical IHC laboratories in a national external quality assessment survey. This reference standard utilizes NIST Standard Reference Material (SRM) 1934 as a universal IHC standard. We calculated ER concentration based on a linked fluorescence measurement traceable to NIST SRM 1934 as each ER is linked to a single fluorescein, and fluorescein concentration equals ER concentration. Each laboratory’s lowest detected ER concentration (i.e. “limit of detection”, LOD) was compared to their results with 80 tumor samples enriched for triple negative breast cases. For the Canadian Immunohistochemistry Quality Control (CIQC) ER proficiency testing run, calibrator sets with peptides for the SP1, EP1, and 6F11 epitopes were created. The various concentrations were pipetted onto histology slides used by CIQC to place its 80-case breast cancer tissue microarray. These slides were stained by participating laboratories using their routine ER IHC protocols and returned to the CIQC. For the purpose of this study, Histology Score and ASCO/CAP categorical scoring recommendation was used for the readout. Results with SP1 clone are reported here because it was employed by overwhelming majority of laboratories. A total of 3,038 readouts were included in the analysis. Most IHC laboratories had a LOD between 10,000 – 25,000 molecules ER per microbead. Highly sensitive ER assays (low LODs) detected more positive cases while those with poorly sensitive assay detected fewer. The LOD correlated with the percent positive cases (R2= -.767, p < 0.0001, Spearman Correlation) as well as with cumulative individual laboratory Histology Score (R2= -.612, p < 0.0001, Spearman Correlation). The tumor samples accounting for this difference were principally “low positive” (ASCO/CAP classification) while ER-high positive tumors were less affected. Although the concept of a non-quantitative IHC LOD has been introduced with critical assay performance controls (iCAPCs, e.g. germinal center cells in the tonsil for ER), there were no tools until now to actually measure LOD for ER IHC testing. With the calibrators introduced here, it is now possible to measure the LOD for ER IHC assays. Furthermore, our data show that ER low positive and some cases of ER high positive breast cancers are highly affected by the variability of analytic sensitivity between clinical IHC laboratories. These data argue for the urgent need to standardize testing to a defined analytic sensitivity range, which is now possible for the first time. Beyond inter-laboratory standardization, known measured LOD also enables: i) methodology transfer from clinical trials to clinical laboratories; ii) determination of optimal analytical sensitivity to produce assays with highest clinical and analytical validity, and iii) daily monitoring of analytical sensitivity for each tested IHC slide. Citation Format: Emina Emilia Torlakovic, Seshi R. Sompuram, Kodela Vani, Lili Wang, Anika K Schaedle, Paul C. DeRose, Steven A. Bogen. Introduction and clinical validation of metrology standards for immunohistochemistry (IHC); New tool for standardization of estrogen receptor (ER) IHC assay in breast cancer [abstract]. In: Proceedings of the 2020 San Antonio Breast Cancer Virtual Symposium; 2020 Dec 8-11; San Antonio, TX. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2021;81(4 Suppl):Abstract nr PS5-46.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,040
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,028
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,040
Score d'incertitude au seuil0,212

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0400,028
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0010,003
Communication savante0,0030,001
Science ouverte0,0030,002
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,037
Tête enseignante GPT0,434
Écart entre enseignants0,397 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2021
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