Chromosome-level genome assembly of the horned-gall aphid, <i>Schlechtendalia chinensis</i> (Hemiptera: Aphididae: Erisomatinae)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The horned gall aphid Schlechtendalia chinensis , is an economically important insect that induces galls valuable for medicinal and chemical industries. S. chinensis manipulates its host plant to form well-organized horned galls during feeding. So far, more than twenty aphid genomes have been reported; however, all of those are derived from free-living aphids. Here we generated a high-quality genome assembly of S. chinensis , representing the first genome sequence of a galling aphid. The final genome assembly was 280.43 Mb, with 97% of the assembled sequences anchored into thirteen chromosomes. S. chinensis presents the smallest aphid genome size among available aphid genomes to date. The contig and scaffold N50 values were 3.39 Mb and 20.58 Mb, respectively. The assembly included 96.4% of conserved arthropod and 97.8% of conserved Hemiptera single-copy orthologous genes based on BUSCO analysis. A total of 13,437 protein-coding genes were predicted. Phylogenomic analysis showed that S. chinensis formed a single clade between the Eriosoma lanigerum clade and the Aphidini+Macrosiphini aphid clades. In addition, salivary proteins were found to be differentially expressed when S. chinensis underwent host alternation, indicating their potential roles in gall formation and plant defense suppression. A total of 36 cytochrome P450 genes were identified in S. chinensis , considerably fewer compared to other aphids, probably due to its small host plant range. The high-quality S. chinensis genome assembly and annotation provide an essential genetic background for future studies to reveal the mechanism of gall formation and to explore the interaction between aphids and their host plants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».