Identification of tumors with <scp><i>NRG1</i></scp> rearrangement, including a novel putative pathogenic <scp><i>UNC5D‐NRG1</i></scp> gene fusion in prostate cancer by data‐drilling a de‐identified tumor database
Notice bibliographique
Résumé
The fusion genes containing neuregulin-1 (NRG1) are newly described potentially actionable oncogenic drivers. Initial clinical trials have shown a positive response to targeted treatment in some cases of NRG1 rearranged lung adenocarcinoma, cholangiocarcinoma, and pancreatic carcinoma. The cost-effective large scale identification of NRG1 rearranged tumors is an open question. We have tested a data-drilling approach by performing a retrospective assessment of a de-identified molecular profiling database of 3263 tumors submitted for fusion testing. Gene fusion detection was performed by RNA-based targeted next-generation sequencing using the Archer Fusion Plex kits for Illumina (ArcherDX Inc., Boulder, CO). Novel fusion transcripts were confirmed by a custom-designed RT-PCR. Also, the aberrant expression of CK20 was studied immunohistochemically. The frequency of NRG1 rearranged tumors was 0.2% (7/3263). The most common histologic type was lung adenocarcinoma (n = 5). Also, renal carcinoma (n = 1) and prostatic adenocarcinoma (n = 1) were found. Identified fusion partners were of a wide range (CD74, SDC4, TNC, VAMP2, UNC5D), with CD74, SDC4 being found twice. The UNC5D is a novel fusion partner identified in prostate adenocarcinoma. There was no co-occurrence with the other tested fusions nor KRAS, BRAF, and the other gene mutations specified in the applied gene panels. Immunohistochemically, the focal expression of CK20 was present in 2 lung adenocarcinomas. We believe it should be considered as an incidental finding. In conclusion, the overall frequency of tumors with NRG1 fusion was 0.2%. All tumors were carcinomas. We confirm (invasive mucinous) lung adenocarcinoma as being the most frequent tumor presenting NRG1 fusion. Herein novel putative pathogenic gene fusion UNC5D-NRG1 is described. The potential role of immunohistochemistry in tumor identification should be further addressed.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
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