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Enregistrement W3131002042 · doi:10.1101/2021.02.24.432508

Mitochondrial and metabolic remodeling in human skin fibroblasts in response to glucose availability

2021· preprint· en· W3131002042 sur OpenAlexaff
Cláudio F. Costa, Sónia L. C. Pinho, Ines Miranda Santos, Olivia R.M. Bagshaw, Jeffrey A. Stuart, Paulo J. Oliveira, Teresa Cunha‐Oliveira

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAdipose Tissue and Metabolism
Établissements canadiensBrock University
Organismes subventionnairesEuropean Regional Development FundFundação para a Ciência e a Tecnologia
Mots-clésGlutamineGlycolysisMitochondrionCitric acid cycleBiologyBiochemistryOxidative stressCell cultureOxidative phosphorylationMetabolismCellCell biologyAmino acidGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Cell culture conditions highly influence cell metabolism in vitro . This is relevant for preclinical assays, for which fibroblasts are an interesting cell model, with applications in regenerative medicine, diagnostics and therapeutic development for personalized medicine as well as in the validation of ingredients for cosmetics. Given these cells’ short lifespan in culture, we aimed to identify the best cell culture conditions and promising markers to study mitochondrial health and stress in Normal Human Dermal Fibroblasts (NHDF). We tested the effect of reducing glucose concentration in the cell medium from high glucose (HGm) to a more physiological level (LGm), or its complete removal and replacement by galactose (OXPHOSm), always in the presence of glutamine and pyruvate. We have demonstrated that only with OXPHOSm it was possible to observe the selective inhibition of mitochondrial ATP production. This reliance on mitochondrial ATP was accompanied by changes in oxygen consumption rate (OCR) and extracellular acidification rate (ECAR), oxidation of citric acid cycle substrates, fatty acids, lactate and other substrates, mitochondrial network extension and polarization and changes in several key transcripts related to energy metabolism. We also evaluated the relevance of galactose, glutamine and pyruvate for OXPHOS stimulation, by comparing OCR and ECAR in the presence or absence of these substrates. Galactose and pyruvate seem to be important, but redundant, to promote OXPHOS, whereas glutamine was essential. We concluded that LGm does not promote significant metabolic changes but the short-term adaptation to OXPHOSm is ideal for studying mitochondrial health and stress in NHDF. Author Contributions CC, SAP, SLCP and IMS performed experiments. TCO and PJO designed research and acquired funding. JS, and OB analyzed data. CC and TCO analyzed data and wrote the paper. All authors contributed to the final version of the manuscript.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,259
Écart entre enseignants0,243 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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