<i>AsaGEI2d</i>: a new variant of a genomic island identified in a group of <i>Aeromonas salmonicida</i> subsp. <i>salmonicida</i> isolated from France, which bears the pAsa7 plasmid
Notice bibliographique
Résumé
Genomic islands (Aeromonas salmonicida genomic islands, AsaGEIs) are found worldwide in many isolates of Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida, a fish pathogen. To date, five variants of AsaGEI (1a, 1b, 2a, 2b and 2c) have been described. Here, we investigate a sixth AsaGEI, which was identified in France between 2016 and 2019 in 20 A. salmonicida subsp. salmonicida isolates recovered from sick salmon all at the same location. This new AsaGEI shares the same insertion site in the chromosome as the other AsaGEI2s as they all have a homologous integrase gene. This new AsaGEI was thus named AsaGEI2d, and has five unique genes compared to the other AsaGEIs. The isolates carrying AsaGEI2d also bear the plasmid pAsa7, which was initially found in an isolate from Switzerland. This plasmid provides resistance to chloramphenicol thanks to a cat gene. This study reveals more about the diversity of the AsaGEIs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».