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Enregistrement W3131758814 · doi:10.1038/s41436-021-01246-2

Delineating the molecular and phenotypic spectrum of the SETD1B-related syndrome

2021· article· en· W3131758814 sur OpenAlexaff
Kristina Lanko, Francisco J. Guzmán‐Vega, Adam Jackson, Reshmi Ramakrishnan, Kelly J. Cardona‐Londoño, Karla A. Peña‐Guerra, Yolande van Bever, Barbara W. van Paassen, Anneke J.A. Kievit, Marjon van Slegtenhorst, Nicholas M. Allen, Caroline M. Kehoe, Hannah K. Robinson, Lewis Pang, Selina Banu, Mashaya Zaman, Stéphanie Efthymiou, Henry Houlden, Irma Järvelä, Leena Lauronen, Tuomo Määttä, Isabelle Schrauwen, Suzanne M. Leal, Claudia Ruivenkamp, Daniela Q.C.M. Barge‐Schaapveld, Cacha Peeters‐Scholte, Hamid Galehdari, Neda Mazaheri, Sanjay M. Sisodiya, Victoria Harrison, Angela Sun, Jenny Thies, Luis Alberto Pedroza, Yana Lara-Taranchenko, Iván K. Chinn, James R. Lupski, Alexandra Garza-Flores, Jeffery McGlothlin, Lin Yang, Shaoping Huang, Xiaodong Wang, Tamison Jewett, Gretchen Rosso, Xi Lin, Shehla Mohammed, J. Lawrence Merritt, Ghayda Mirzaa, Andrew E. Timms, Joshua Scheck, Mariet W. Elting, Abeltje M. Polstra, Lauren Schenck, Maura Ruzhnikov, Annalisa Vetro, Martino Montomoli, Renzo Guerrini, Daniel C. Koboldt, Theresa Mihalic Mosher, Matthew Pastore, Kim L. McBride, Jing Peng, Pan Zou, Marjolein H. Willemsen, Susanne Koning, Peter D. Turnpenny, Bert B.A. de Vries, Christian Gilissen, Rolph Pfundt, Melissa Lees, Stephen R. Braddock, Kara C. Klemp, Fleur Vansenne, Mariëlle van Gijn, Catherine Quindipan, Matthew A. Deardorff, J. Austin Hamm, Abbey M. Putnam, Rebecca Baud, Laurence E. Walsh, Sally Ann Lynch, Júlia Baptista, Richard Person, Kristin G. Monaghan, Amy Crunk, Jennifer Keller‐Ramey, Adi Reich, Houda Zghal Elloumi, Mariëlle Alders, Jennifer Kerkhof, Haley McConkey, Sadegheh Haghshenas, Reza Maroofian, Bekim Sadiković, Siddharth Banka, Stefan T. Arold, Tahsin Stefan Barakat

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensWestern UniversityLondon Health Sciences Centre
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilEpilepsy SocietyEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentEuropean CommissionUniversity College LondonAtaxia UKGreat Ormond Street Hospital CharityNational Institute for Health and Care ResearchMuscular Dystrophy UKCancer Research UKErasmus Medisch CentrumBrain Research UKRegione ToscanaBrain and Behavior Research FoundationDepartment of Health and Social CareNational Human Genome Research InstituteNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekWellcome TrustKing Abdullah University of Science and TechnologyNational Alliance for Research on Schizophrenia and DepressionZonMwJohns Hopkins UniversityMuscular Dystrophy Association
Mots-clésPenetranceIntellectual disabilityCohortPhenotypeEpilepsyAutism spectrum disorderAutismGeneticsNeurodevelopmental disorderMedicineCopy-number variationBiologyBioinformaticsNeuroscienceGenomePsychiatryInternal medicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PURPOSE: Pathogenic variants in SETD1B have been associated with a syndromic neurodevelopmental disorder including intellectual disability, language delay, and seizures. To date, clinical features have been described for 11 patients with (likely) pathogenic SETD1B sequence variants. This study aims to further delineate the spectrum of the SETD1B-related syndrome based on characterizing an expanded patient cohort. METHODS: We perform an in-depth clinical characterization of a cohort of 36 unpublished individuals with SETD1B sequence variants, describing their molecular and phenotypic spectrum. Selected variants were functionally tested using in vitro and genome-wide methylation assays. RESULTS: Our data present evidence for a loss-of-function mechanism of SETD1B variants, resulting in a core clinical phenotype of global developmental delay, language delay including regression, intellectual disability, autism and other behavioral issues, and variable epilepsy phenotypes. Developmental delay appeared to precede seizure onset, suggesting SETD1B dysfunction impacts physiological neurodevelopment even in the absence of epileptic activity. Males are significantly overrepresented and more severely affected, and we speculate that sex-linked traits could affect susceptibility to penetrance and the clinical spectrum of SETD1B variants. CONCLUSION: Insights from this extensive cohort will facilitate the counseling regarding the molecular and phenotypic landscape of newly diagnosed patients with the SETD1B-related syndrome.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,383
Score d'incertitude au seuil0,223

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,233
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations35
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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