A Novel Real-Time PCR Assay for the Rapid Detection of Virulent Streptococcus equi Subspecies zooepidemicus—An Emerging Pathogen of Swine
Notice bibliographique
Résumé
Streptococcus equi subspecies zooepidemicus, a zoonotic bacterial pathogen caused a series of outbreaks with high mortality affecting swine herds in multiple locations of the USA and Canada in 2019. Further genetic analysis revealed that this agent clustered with ATCC 35246, a S. zooepidemicus strain associated with high mortality outbreaks in swine herds of China originally reported in 1977. Rapid and accurate diagnosis is absolutely critical for controlling and limiting further spread of this emerging disease of swine. Currently available diagnostic methods including bacteriological examination and PCR assays do not distinguish between the virulent strains and avirulent commensal strains of S. zooepidemicus, which is critical given that this pathogen is a normal inhabitant of the swine respiratory tract. Based on comparative analyses of whole genome sequences of the virulent isolates and avirulent sequences, we identified a region in the SzM gene that is highly conserved and restricted to virulent S. zooepidemicus strains. We developed and validated a novel probe-based real-time PCR targeting the conserved region of SzM. The assay was highly sensitive and specific to the virulent swine isolates of Streptococcus equi subspecies zooepidemicus. No cross reactivity was observed with avirulent S. zooepidemicus isolates as well as other streptococcal species and a panel of porcine respiratory bacterial and viral pathogens. The PCR efficiency of the assay was 96.64 % and was able to detect as little as 20 fg of the bacterial DNA. We then validated the diagnostic sensitivity and specificity of the new PCR assay using a panel of clinical samples (n = 57) and found that the assay has 100% sensitivity and specificity as compared to bacteriological culture method. In summary, the PCR assay will be an extremely valuable tool for the rapid accurate detection of virulent swine S. zooepidemicus isolates and directly from clinical samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».