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Enregistrement W3131883730 · doi:10.1371/journal.pntd.0009079

Evidence that a naturally occurring single nucleotide polymorphism in the RagC gene of Leishmania donovani contributes to reduced virulence

2021· article· en· W3131883730 sur OpenAlexafffund
Patrick Lypaczewski, Wen‐Wei Zhang, Greg Matlashewski

Notice bibliographique

RevuePLoS neglected tropical diseases · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueResearch on Leishmaniasis Studies
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesFonds de Recherche du Québec - SantéCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésVirulenceLeishmania donovaniBiologySingle-nucleotide polymorphismGeneticsGeneLeishmaniaGenotypePolymorphism (computer science)VirologyLeishmaniasisParasite hostingVisceral leishmaniasis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Leishmaniasis is a widespread neglected tropical disease transmitted by infected sand flies resulting in either benign cutaneous infection or fatal visceral disease. Leishmania donovani is the principal species responsible for visceral leishmaniasis, yet an atypical L. donovani has become attenuated in several countries including Sri Lanka and causes cutaneous leishmaniasis. Previous studies have identified 91 genes altered in the atypical cutaneous L. donovani compared to typical visceral disease associated L. donovani including mutations in the RagC and Raptor genes that are part of the eukaryotic conserved TOR pathway and its upstream sensing pathway. In the present study, we investigate whether the RagC R231C mutation present in atypical cutaneous L. donovani introduced into the virulent L. donovani 1S2D chromosome by CRISPR gene editing could affect virulence for survival in visceral organs. Through bioinformatic analysis, we further investigated the presence of sensing pathway components upstream of TOR in L. donovani including RagC complexing proteins, RagA and Raptor. L. donovani 1S2D edited to express mutant RagC R231C were viable in promastigote but had reduced visceral parasitemia in infected BALB/c mice. The RagC R231C mutant retained the ability to interact with RagA and gene knockout experiments revealed that although the RagA gene was essential, the RagC gene was not essential under promastigote culture conditions but was essential for survival in the liver of experimentally infected mice. These results provide evidence that the TOR associated sensing pathway plays a prominent role in L. donovani visceral disease and the RagC R231C mutation contributed to the atypical pathology of cutaneous L. donovani in Sri Lanka.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,011
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,759
Score d'incertitude au seuil0,997

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,011
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,064
Tête enseignante GPT0,301
Écart entre enseignants0,237 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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