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Enregistrement W3131919420 · doi:10.1101/2021.02.18.431890

Spatially confined sub-tumor microenvironments orchestrate pancreatic cancer pathobiology

2021· preprint· en· W3131919420 sur OpenAlexafffund
Barbara T. Grünwald, Antoine Devisme, Geoffroy Andrieux, Foram Vyas, Kazeera Aliar, Curtis W. McCloskey, Andrew Macklin, Gun Ho Jang, Robert E. Denroche, Joan Miguel Romero, Prashant Bavi, Peter Bronsert, Faiyaz Notta, Grainne M. O’Kane, Julie M. Wilson, Jennifer J. Knox, Laura Tamblyn, Nikolina Radulovich, Sandra E. Fischer, Melanie Boerries, Steven Gallinger, Thomas Kislinger, Rama Khokha

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePancreatic and Hepatic Oncology Research
Établissements canadiensLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai HospitalOntario Institute for Cancer ResearchUniversity Health NetworkUniversity of TorontoPrincess Margaret Cancer Centre
Organismes subventionnairesCanadian Cancer Society Research InstituteTerry Fox Research InstituteBundesministerium für Bildung und ForschungDeutsche ForschungsgemeinschaftPancreatic Cancer Canada FoundationOntario Institute for Cancer ResearchPrincess Margaret Cancer FoundationGovernment of OntarioAlexander von Humboldt-Stiftung
Mots-clésTumor microenvironmentStromal cellPancreatic cancerCancer researchExtracellular matrixCancer-Associated FibroblastsTumor progressionBiologyImmune systemPhenotypeCancerImmunologyCell biologyTumor cellsGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) remains resistant to most treatments and demonstrates a complex pathobiology. Here, we deconvolute regional heterogeneity in the human PDAC tumor microenvironment (TME), a long-standing obstacle, to define precise stromal contributions to PDAC progression. Large scale integration of histology-guided multiOMICs with clinical data sets and functional in vitro models uncovers two microenvironmental programs in PDAC that were anchored in fibroblast differentiation states. These sub-tumor microenvironments (subTMEs) co-occurred intratumorally and were spatially confined, producing patient-specific cellular and molecular heterogeneity associated with shortened patient survival. Each subTME was uniquely structured to support discrete aspects of tumor biology: reactive regions rich in activated fibroblast communities were immune-hot and promoted aggressive tumor progression while deserted regions enriched in extracellular matrix supported tumor differentiation yet were markedly chemoprotective. In conclusion, PDAC regional heterogeneity derives from biologically distinct reactive and protective TME elements with a defined, active role in PDAC progression. Graphical Abstract & Key findings PDAC regional heterogeneity originates in sub-tumor microenvironments (subTMEs) SubTMEs exhibit distinct immune phenotypes and CAF differentiation states Different subTMEs are either tumor-promoting or chemoprotective Intratumoral subTME co-occurrence links stromal heterogeneity to patient outcome

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,273
Écart entre enseignants0,249 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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